Lịch sử của hòn đảo này bắt đầu từ thời kỳ đồ sắt. Khi cư dân của nền Văn minh cổ đại Etrusca khai thác gỗ sồi để làm nhiên liệu cho các lò luyện sắt thủ công Bloomery ở đại lục, nơi quặng sắt được lấy từ các mỏ trên đảo Elba. Người Hy Lạp đã gọi Montecristo với tên Oglasa hoặc Ocrasia bởi màu vàng nhạt của đá trên đảo. Người La Mã gọi nó là Mons Jovis, và đã dựng lên một điện thờ thần Jupiter trên ngọn núi cao nhất hòn đảo, trong đó có một số dấu vết vẫn còn tồn tại tới ngày nay. Trong thời đại đế quốc, người La Mã đã mở một số mỏ đá để khai thác đá granit tại đây, có lẽ là chúng được sử dụng trong việc xây dựng các biệt thự trên đảo Giglio, Elba, và Giannutri.[3]

Khoảng giữa thế kỷ thứ 5, các hang động của đảo đã trở thành nơi trú ngụ của nhiều ẩn sĩ trước những người Vandals của Genseric, quan trọng nhất trong số đó là Đức Giám mục St. Mamilian.[3] Chính vì vậy, tên ngày nay xuất phát từ tên thánh của đảo "Mons Christi". Vào đầu thế kỷ thứ 7, Đức Giáo hoàng Grêgôriô cử các đan sĩ Biển Đức tới đây.[3] Trong giai đoạn này, Tu viện St. Mamilian được thành lập như là kết quả của sự đóng góp cho Giáo hội, sự giàu có của nó đã trở thành huyền thoại, và một nhà nguyện được xây dựng vào hang St.Mamiliano, nơi mà Đức Giám mục Mamilian đã từng ẩn náu vào thế kỷ thứ 5.[4] Năm 1216, các tu sĩ đã tham gia dòng tu Camaldolese. Nhờ sự đóng góp của một số gia đình quý tộc, tu viện trên đảo ngày càng phát triển và giàu có, chính điều này đã dẫn đến các truyền thuyết về kho báu lưu giữ trên hòn đảo này.[3]

Hòn đảo sau đó thuộc sở hữu của cộng hòa Pisa, nhưng sau đó được mua lại bởi Công quốc Piombino. Trong năm 1553, đội quân trên biển của đế chế Ottoman dưới chỉ huy của Dragut cướp bóc nhóm các đảo Elba, xông vào tu viện, bắt các tu sĩ, và ban sắc lệnh kết thúc hoạt động của tu viện. Sau đó, hòn đảo trở thành nơi không có người ở.[4] Trong nửa sau của thế kỷ thứ 16, cùng với hầu hết các đảo của quần đảo Toscana, nó đã trở thành một phần của Presidi, một nhà nước ven biển chiến lược được những người Tây Ban Nha giữ lại được.

Hòn đảo được sáp nhập vào Đế chế thứ nhất dưới thời hoàng đế Napoleon trước khi trở thành sở hữu của Lãnh địa Đại công tước Tuscana.[3] Những nỗ lực đầu tiên để dân cư tới đảo Montecristo bởi Charles Cambiagi, thực hiện vào năm 1840 bởi hai ẩn sĩ Đức là Augustin Eulhardt và Joseph Keim nhưng họ cũng chính là những người cuối cùng.[4] Năm 1843, những người khác đến với ý định khai hoang hòn đảo: Adolph Franz Obermüller từ Vùng đất Tyrol, và sau đó vài tháng là hai người Pháp là Charles Legrand cùng bạn gái của mình.[4] Cũng trong năm 1843, đã có nỗ lực khác của George Guiboud, mà kết quả cũng là một thất bại. Năm 1846, một số người Genova đã thực hiện một nỗ lực tương tự, trong khi vào năm 1849 người Pháp có tên Jacques Abrial đã có thể trồng trọt trên đảo trong ba năm.[4] Năm 1852, một người Anh giàu có tên là George Watson-Taylor đã mua Montecristo và chuyển hẳn một ngôi nhà Cala Maestra thành một khu vườn trồng bạch đàn và nhiều loài thực vật kỳ lạ, trong đó có Ailanthus altissima, một loài xâm lấn có nguồn gốc từ châu Á.[3] Một số ít các tòa nhà hiện đại trên đảo như Royal Villa được xây dựng vào thời kỳ này. Các đảo sau đó được mua lại bởi chính phủ Italia vào ngày 03 tháng 6 năm 1869 với tổng số tiền lúc bấy giờ là 100.000 Bảng Anh. Montecristo trước đó đã bị cướp phá vào năm 1860 bởi những người lưu vong Ý sống ở London, đã đến Ý để tham gia Camicie Rosse, nhưng đã bị đắm tàu trên đảo.[4] Chính phủ sau đó nghĩ rằng tốt hơn là mua lại hòn đảo và để nó trong tình trạng không người ở sẽ tốt hơn.[4]

Sau những nỗ lực thì vào năm 1878, chính phủ Ý đã thành lập một tòa án thuộc địa, một cái khác nằm trên đảo Pianosa.[4] Năm 1889, Montecristo đã được cai quản bởi hầu tước Carlo Ginori, người đã phục hồi các Villa và biến quần đảo thành một vùng săn bắn. Năm 1896, Montecristo là nơi nghỉ tuần trăng mật của Vittorio Emanuele III của hoàng tộc Savoia (lúc bấy giờ là thái tử) và Elena của Montenegro,[4] và sau năm 1899, nó đã trở thành một vùng săn bắn hoàng gia và được Victor Emmanuel độc quyền. Trong Chiến tranh thế giới thứ hai, hòn đảo là nơi rất quan trọng bởi vị trí nằm giữa Ý và đảo Corse, và được đóng quân bởi quân đội Ý.[1] Sau khi tự nhiên của hòn đảo bị phá hoại nghiêm trọng và những nỗ lực thì một khu bảo tồn thiên nhiên được thành lập vào năm 1971.[1]

Trong tháng 12 năm 2011, báo cáo chỉ ra rằng loài chuột đen, có rất ít trên đảo từ thời kỳ La Mã đã tăng lên rất nhiều về số lượng và đặt ra một mối đe dọa nghiêm trọng đối với các loài chim của Montecristo.[5] Bởi địa hình dẫn đến việc hòn đảo rất khó để tiếp cận nên người ta đã sử dụng thức ăn viên được tẩm thả từ trên không xuống hòn đảo để tiêu diệt loài chuột này, giống như thực hiện trên đảo Giannutri và Sardegna gần đây, mặc dù các loài động vật hoang dã và vùng biển xung quanh cũng có thể bị ảnh hưởng tiêu cực từ điều này.[6][7][8] Ngoài ra, các loài thực vật chi Ailanthus thuộc họ Simaroubaceae cũng bị diệt trừ.[5]